介绍

序列比对mafft/muscle+建树iqtree2

代码

# MAFFT
1. https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/
2. 下载fasta文件
3. 输入fasta文件
# 分析速度快
mafft in > out
# 准确度较高
# L-INS-i算法（首选）
mafft --localpair --maxiterate 1000 p_dicotyledon_os.txt > p_dicotyledon_os_output.txt
# E-INS-i算法
mafft --genafpair --maxiterate 1000 Mono_blastp.txt > Mono_blastp.E-INS-i.txt
# G-INS-i算法
mafft --globalpair --maxiterate 1000 Mono_blastp.txt > Mono_blastp.G-INS-i.txt
# auto算法
mafft --auto input.fasta > output.fasta


# MUSCLE
muscle -align input.fa -output output.fa

# iqtree2
#wget https://github.com/Cibiv/IQ-TREE/releases/download/v1.6.12/iqtree-1.6.12-Windows.zip
#gunzip iqtree-1.6.12-Windows.zip

#极大似然法 快速、准确构建 无根进化树

#-s file 格式为 PHYLIP/FASTA/NEXUS/CLUSTAL/MSF
#-m MFP 仅执行模型选择，而不进行ML树搜索
#-B 1000  -bnni 快速Bootstrap与常规Bootstrap的在bootstrap value的解读上不同，模型冲突的情况下，快速Bootstrap会高估bootstrap value值。因此作者推荐加上-bnni    这个参数是iqtree_v1.0 -bb
#-b 非参数bootstrap，1000 指定了 Bootstrap replicates 的数量             更精确但计算成本较高
#-nt AUTO 并行计算线程的数量为 "AUTO"
#-cmax --cmax参数允许你限制模型的复杂度。较低的--cmax值，模型将更简单；较高的--cmax值，模型将更复杂
#-redo 如果已经存在输出文件，将重新运行分析
#-T 线程
nohup iqtree2 -s test.aligend.fa -m MFP -bnni -T AUTO -redo -B 1000 &    #最新用法

iqtree2 -s test.aligend.fa -m MFP -b 1000 -T AUTO -redo &  #老版本代码，和上个代码同样效果

## iqtree2 识别不出来带空格的基因id！！！