介绍

OrthoFinder 是一个快速、准确和全面的比较基因组学平台。 它找到正交群(orthogroups)和直系同源(orthologs)，推断所有正交群的有根基因树，并识别这些基因树中的所有基因复制事件。 它还为被分析的物种推断出一个有根的物种树，并将基因复制事件从基因树映射到物种树的分支。

# 需要激活环境才能使用
conda activate orthofinder

orthofinder -f ./ -S diamond -M msa -A mafft -T iqtree -t 40 &
orthofinder -f ./ &

# 参数解释
-f 输入文件所在路径，一个物种蛋白质组对应一个文件
-t  有条件的话，这个参数建议一直使用。该参数参与BLAST搜索、tree推断和gene-tree reconciliation的并行化。这些都是非常耗时的步骤，所以该参数可以设置大一些
-a  Orthofinder除-a涉及的几个步骤外，运行地都相对比较快和高效，所以-a参数不会有大的影响。这个参数在OrthoFinder分析提前计算好的BLAST结果时更有用，但需要提供更大的RAM
-d 当输入文件是DNA序列时指定该参数
-M  gene tree 推断软件. Options 'dendroblast' & 'msa' [Default = dendroblast]  mafft准确性更高，但速度慢
-S  序列搜索软件[Default = diamond] Options: blast, diamond, blast_nucl, mmseqs, diamond_ultra_sens, blast_gz
-A  多序列比对软件, requires '-M msa' [Default = mafft] Options: mafft, muscle
-T  物种树推断方法, requires '-M msa' [Default = fasttree] Options: iqtree, fasttree, raxml-ng, raxml
-s  用户提供的有根物种树
-o  非默认的结果文件路径